La Fondation est née en 1993 sous l’impulsion de Madame Danièle Juillet, alors membre du conseil législatif de la Commune de Cernier. Tout débute en avril 1985 : elle dépose, avec son groupe politique, une motion portant le titre « Demande d’étude pour la construction d’un immeuble pour le 3ème âge », prise en considération par 18 voix contre 2.

Après de multiples analyses et études du Conseil exécutif de l’époque, sollicité de toute part pour la vente du terrain sur lequel était envisagée la construction de l’immeuble pour le 3ème âge, le feu vert à la mise en œuvre de ce projet est décrété en janvier 1990. Une commission d’étude est créée. Elle se rencontrera à 14 reprises durant une année.

En 1992 la commission d’étude rend son rapport au Conseil communal qui, en mars 1992 le fait passer en votation au Conseil général. En synthèse, les autorités proposent que la Commune soutienne la création d’une Fondation tout en lui octroyant le droit de bâtir sur le terrain communal tant convoité par d’autres organisations. Le Conseil législatif valide le rapport et le 16 mars 1993, la Fondation La Pomologie est constituée.

S’en suivent le développement du projet de construction et enfin la construction. Elle aboutira en décembre 1995, son coût s’élèvera à près de CHF 4’600’000.